При умножение списка на число все элементы полученного списка - ссылки на элементы исходного списка.
Python list multiplication: [[…]]*3 makes 3 lists which mirror each other when modified [duplicate]
Проблему можно решить, используя генератор списка, где в роли значения будет выступать выражение (например, []) или полная копия нужного объекта.
GitHub
